El término municipal limita al norte con el municipio de Totogalpa, al sur con los municipios de Condega y Pueblo Nuevo, al este con el municipio de Telpaneca y al oeste con el municipio de Yalagüina. La cabecera municipal está ubicada a 193 km de la ciudad de Managua.

Su topografía es irregular, con elevaciones que varían desde los 500 a 850 m; sin embargo, la parte central del municipio es bastante plana. Entre las montañas merece mención la “Loma La Peña”, con 854 msnm. Palacagüina cuenta con una flora semi desértica compuesta por malezas, arbustos y algunos árboles como Quebracho, Chilamate y Guásimo de ternero, cuya área boscosa ha venido reduciéndose como producto del despale.

Naturaleza y clima

El municipio tiene un clima tropical seco, (sabana tropical de altura), con temperatura que oscilan entre los 25° y 26° C y variantes de clima húmedo en la época de invierno. La Precipitación oscila entre los 650 y 850 mm caracterizándose por una irregular distribución durante el periodo de invierno.